1990년 7월 16일에 설립되어, 10월 30일에 병역특례업체로 지정되었으며, 현재 아래와 같이 연구센터(연구단)이 설치되어 운영중에 있다.

연구조직 운영지침에 의거, 연구소‧연구센터 등 연구조직은 외부 출연금 또는 연구비를 지원받아 분야별 특정 연구사업을 공동협력으로 수행한다.

자연과학연구소에는 연구소 별도의 운영위원회를 설치하여, 조직의 설치 및 개폐 업무를 검토 및 심의하여 운영하고 있다.